Видеообращение бывшего президента Киргизии после штурма его резиденции

Президентский срок Атамбаева ознаменован скандалами, которые широко освещались в киргизской и международной прессе[15]. Источником скандалов зачастую служили кадровые назначения на высокие государственные должности лиц из круга личного обслуживания Атамбаева — его водителей, телохранителей[16] и так далее[16]. Самым известным лицом из «ближнего круга» Атамбаева, сделавшим головокружительную карьеру государственного чиновника за 6 лет и сумевшим занять место в списке 100 самых богатых[17] людей Киргизской Республики, является его водитель Икрамжан Илмиянов[18][19]. Ещё один — Эркин Сопоков, который в 2012 году назначен заместителем председателя Налоговой службы Киргизской Республики, а позже - консулом Киргизской Республики в г. Стамбуле (Турция)[20]. Ещё один известный персонаж из окружения Атамбаева — Эркин Мамбеталиев, служивший телохранителем у Атамбаева в бытность его простым оппозиционером. Илмиянов и Мамбеталиев были фигурантами уголовного дела по убийству полковника МВД Киргизии Ч. Алиева. Телохранителю А. Атамбаева Э. Мамбеталиеву было предъявлено обвинение по ст. ст. 30—97 Уголовного кодекса в соучастии в умышленном убийстве человека[21]. В 2008 году он был осуждён и приговорён к пожизненному заключению за убийство 8 человек. После событий апреля 2010 года, в результате которых был низложен президент Курманбек Бакиев, а Атамбаев через полтора года избран президентом, дело Мамбеталиева было пересмотрено «по вновь открывшимся обстоятельствам». Что это за обстоятельства, в Бишкекском городском суде объяснять отказались. Суд в итоге объявил, что Мамбеталиев невиновен в убийстве депутата, а за остальные убийства заслуживает наказания в виде 15 лет тюрьмы. Однако отсиживать этот срок бывшему спецназовцу не пришлось: суд применил к нему амнистию и выпустил на свободу[22]. В 2016 году Атамбаев провел референдум по внесению поправок в Конституцию. Данную инициативу представители гражданского общества, правозащитники, журналисты, оппозиционеры назвали попыткой узурпации власти[23].
Завершающая фаза президентства Атамбаева (2016—2017 гг.) ознаменована многочисленными гражданскими и уголовными судебными процессами против журналистов, активистов[24], оппозиционных политиков[25] и правозащитников[26] со стороны власти. В некоторых судебных процессах истцом выступал лично Атамбаев, представлял его интересы Генеральный прокурор Киргизской Республики.
В 2017 году активист Эдил Байсалов выступил на пресс-конференции с информацией о фальсификации и сокрытии информации о доходах Атамбаева[27].